提摩太後書的主題是對召會敗落的豫防劑。保羅在引言之後，說到為著豫防劑的神聖供備：清潔的良心、無偽的信心、神聖的恩賜、剛強的靈、永遠的恩典、不能朽壞的生命、健康的話、與內住的靈。然後他接著指出，敗落的基本因素是離棄使徒和他的職事。在二章一至十五節保羅說到豫防者，指明豫防者必須是教師、精兵、競賽者、農夫並工人。在二章後半他告訴我們敗落的蔓衍，像毒瘡一樣。在三章保羅先說到敗落的惡化，顯示牠要成為迷惑人的艱難時期，然後說到豫防的抗毒劑─神聖的話。四章有三段：對豫防者的鼓勵─要來的獎賞；敗落的結果─愛現今的世代，並行許多的惡事；以及結語。我們若看提摩太後書的綱目，就會看見本書不是僅僅牧會書簡，意即所謂牧師的書；反之，牠是為著豫防者所寫的書，豫防者就是那些給人注射豫防劑以抵擋召會敗落的人。